Ao utilizar uma versão do Eclipse 3.5 no Ubuntu 9.10 notei que alguns botões não funcionavam.
Isso pode ser resolvido de duas formas:
1) Instalando o Eclipse através do apt;
2) Baixar uma versão do Eclipse através do site. Você vai querer fazer isso se, por exemplo, precisar de uma versão com WTP. Após instalar a IDE em um diretório de sua preferência, crie um shell script com o seguinte conteúdo para poder inicializar o Eclipse sem o bug dos botões:
#!/bin/sh
export GDK_NATIVE_WINDOWS=1
[diretório de instalação do eclipse]/eclipse
Veja também: http://blogs.gurulabs.com/dax/2009/10/what-gdk-native.html
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